Madrasah Tsanawiyah (MTs) Negeri 1 Cilegon adalah sebuah lembaga pendidikan formal setingkat SLTP yang berada pada naungan Kementerian Agama Kota Cilegon dan merupakan Madrasah Tsanawiyah Negeri pertama yang ada di Kota Cilegon. Sebelum penegerian, MTs Negeri 1 Cilegon merupakan Madrasah Tsanawiyah yang berstatus swasta yang diberi nama MTs YPIC (Yayasan Pendidikan Islam Cilegon) beralamat di Jl. Kh. Masjanim-Jombangkali Kec. Cilegon Kab. Serang, karena MTs YPIC merupakan madrasah swasta maka dalam operasionalnya menginduk pada Madarasah Tsanawiyah Negeri, dalam hal ini MTs YPIC menginduk ke KKM (Kelompok Kerja Madrasah) MTs Negeri Anyer dan dikelola oleh Yayasan Pendidikan Islam Cilegon. Pada saat itu ketua Yayasannya bernama H. Masran yang merupakan salah seorang tokoh masyarakat Cilegon yang sangat peduli terhadap pendidikan.

Perubahan yang paling besar pada MTs YPIC adalah dengan terbitnya SK Menteri Agama RI No. 244 Tahun 1993, tanggal 25 Oktober 1993 tentang perubahan nama dan penegerian madrasah. Nama MTs YPIC diganti dengan Madrasah Tsanawiyah Negeri Cilegon.

Dalam upaya pengembangan MTs Negeri 1 Cilegon maka Pemda Kab. Serang yang pada saat itu dipimpin oleh H.M. Sampurna memberikan bangunan dan lahan/tanah wakaf dengan no. Persil 20.b.d.III dengan luas tanah 2.555 m² di penampungan Kebondalem dengan status hak guna pakai kepada Depag yang dipimpin oleh Drs. H. Ataulloh sebagai Ka.Kandepag, lahan itu diperuntukan untuk pembangunan MTs Negeri Cilegon. Pemberian lahan ini merupakan aspirasi dari masyarakat Penampungan Kebon Dalem agar MTs Negeri Cilegon dibangun dilingkungannya. Maka pada saat itu pula dibangunlah 6 ruang kelas belajar, 1 ruang guru dan 1 ruang tata usaha. Sebenarnya di atas lahan itu telah berdiri 3 ruang kelas yang sudah tidak layak pakai milik Yayasan Al-Khairiyah Kebon Dalem, proses serah terima lahan dan bangunan itu bertepatan pada Tahun Pelajaran 1995/1996.

Pasca perpindahan tempat di Kelurahan Kebon Dalem, sampai saat ini MTs Negeri Cilegon telah banyak mengalami perubahan yang sangat pesat. Beberapa perkembangan yang mengalami perubahan seperti pada gedung bangunan karena kebutuhan ruang belajar yang memadai untuk jumlah peserta didik saat ini, serta kelengkapan sarana prasarana madrasah untuk proses belajar mengajar dan operasional perkantoran telah tersedia dengan baik. Adanya gedung bangunan dan sarana prasarana di MTs Negeri 1 Cilegon yang memadai dapat menambah nilai positif bagi lingkungan masyarakat disekitar sehingga setiap tahunnya banyak peserta didik yang mendaftar.

Madrasah Tsanawiyah Negeri Cilegon yang berada dibawah naungan Kementerian Agama, telah banyak mengalami berbagai macam proses. Terjadinya perubahan nama kembali sejak tanggal 18 November 2015 dengan SK Nomor 371 tahun 2015 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Banten membawa banyak tantangan. Karena saat ini Madrasah Tsanawiyah Negeri Cilegon telah berubah nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Cilegon sehingga MTs Negeri 1 Kota Cilegon harus menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Pertama terbaik yang berada di Kota Cilegon. Mudah-mudahan segala tantangan dan rintangan untuk Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Cilegon dapat menjadi motivasi dan semangat dalam perkembangan madrasah kedepan. Amin.

Sejak tahun 1993 sampai sekarang, telah dipimpin oleh 5 (lima) orang Kepala Madrasah dengan berbagai pengembangan dan prestasi. Dalam pengembangan dan program-program yang telah diberikan untuk kemajuan MTsN 1 Kota Cilegon, semua kepala Madrasah memiliki nilai positif yang dapat diteladani sehingga menjadikan Madrasah yang dibanggakan oleh guru dan karyawan khususnya dan siswa-siswi di MTsN 1 Kota Cilegon serta lingkungan masyarakat sekitar pada umumnya.